Sebastian Stern studierte ab 2001 im Fach "Kino- und Fernsehfilm" an der Hochschule für Fernsehen und Film München (HFF).
Mit seinen Kurzfilmen "Nach Haus", "Fang des Lebens" und "nichts weiter als" nahm er an mehreren internationalen Festivals teil, u.a. an der Berlinale 2006, dem Max Ophüls Preis, dem New York International Student Film Festival und dem Internationalen Festival der Filmhochschulen München.
Sein Abschlußfilm „Die Hummel“ kam im August 2010 in die Kinos. Er war nominiert für den First Steps Award und den Studio Hamburg Nachwuchspreis und wurde im Januar 2011 mit dem Bayerischen Filmpreis für die beste Nachwuchsregie ausgezeichnet.
Sein zweiter Langfilm „Der Hund begraben“, eine Koproduktion mit ARTE und dem BR, wurde auf den 50. Hofer Filmtagen 2016 uraufgeführt und kam im Frühjahr 2017 in die Kinos. Für die Regiearbeit zu diesem Film war Sebastian Stern für den New Faces Award 2017 in der Kategorie „Bester Debutfilm“ nominiert.
Zuletzt führte er Regie bei dem Kurzfilm "Babylon", der Teil des "The Love Europe Projects" ist.